藻藍蛋白具有、促進血等功效。21世紀初，在歐美、日本等國，藻藍蛋白廣泛用作食品和化妝品的高級天然色素，并被制成生化藥品。1986年，由日本康派艾滋病研究所研制、CONFIDENCE藻類營養食品公司生產的康派奇（confident）藻藍蛋白素作為癌癥患者、白血病患者等的康復藥品和營養食品，取得突出的配合療效。

藻藍蛋白的應用研究很廣泛，可歸納以下幾方面：

(1)天然食用色素：藻藍蛋白是水溶性色素，，純藍，清亮可愛，可作為食品著色劑、化妝品的添加劑。

(2)醫藥保健食品：藻藍蛋白離體實驗具有刺激紅細胞集落生成，類似紅細胞生成素(EPO)的作用。國外已成功的研制出多種藻藍蛋白復合藥品，日本康派艾滋病研究所已有藻藍蛋白能改善貧血、提高血色素的成功報導。在1982年 Iijim 等曾研究小鼠口服藻藍蛋白提高注射肝腫瘤細胞小鼠的成活率，且實驗組小鼠淋巴細胞活性明顯比對照高，他們認為該蛋白有促進免疫和抗疾病功能。1986年國哈佛醫院 Schwrtz和Shklr發現螺旋藻藻藍蛋白對一些癌細胞有抑制作用。

(3)生物學、化學和細胞學實驗的特殊試劑：藻藍蛋白藍色并有熒光，可作為生物學、細胞學一些光動力學的研究試劑。