茅臺酒的酒窖建設也頗有講究。從窖址選地、窖區走向、空間高度，到窖內溫濕度控制、透氣性能，以及酒甕的形式、容量、甕口泥封的技術等，都極為嚴格。這些都是關系到成品酒的再熟化、香氣純度再提高的關鍵。酒窖里每天要有人檢查，開關透氣孔，控制溫濕度。

茅臺酒工藝中的三長主要指茅臺酒基酒生產周期長；大曲貯存時間長；茅臺酒基酒酒齡長。茅臺酒基酒生產周期長達一年，須二次投料、九次蒸餾、八次發酵、七次取酒，歷經春、夏、秋、冬一年時間。而其它名白酒只需幾個月或十多天即可。茅臺酒大曲貯存時間長達6個月才能流入制曲生產使用，比其它白酒多存3－4個月，這對提高茅臺酒基酒質量具有重要作用，而且大曲用量大，是其它白酒的4－5倍。

茅臺酒廠區建于赤水河上游，水質好、硬度低、微量元素含量豐富，且無污染。峽谷地帶微酸性的紫紅色土壤，冬暖夏熱、少雨少風、高溫高濕的特殊氣候，加上千年釀造環境，空氣中充滿了豐富而獨特的芳香。

釀制茅臺酒的用水主要是赤水河的水，赤水河水質好，用這種入口微甜、無溶解雜質的水經過蒸餾釀出的酒特別甘美。故清代詩人曾有“集靈泉于一身，匯秀水東下”的詠句贊美赤水河。茅臺鎮還具有極特殊的自然環境和氣候條件。它位于貴州高原點的盆地，海拔僅440米，遠離高原氣流，終日云霧密集。