茅臺酒大曲貯存時間長達6個月才能流入制曲生產使用，比其它白酒多存3－4個月，這對提高茅臺酒基酒質量具有重要作用，而且大曲用量大，是其它白酒的4－5倍。茅臺酒一般需要長達三年以上貯存才能勾兌，通過貯存可趨利避害，使酒體更醇香味美，加上茅臺酒高沸點物質豐富，更能體現茅臺酒的價值，這是其它香型白酒不具有的特點。

裝茅臺酒用的酒瓶，最初是用本地生產的缸甕，從清朝咸豐年間起，改用底小、口小、肚大的陶質壇形酒瓶，有裝0.5公斤、1公斤和1.5公斤的型號。后曾一度改為微扁長方形酒瓶。民國四年（1915年）以后，改用圓柱形、體小嘴長的黃色陶質釉瓶。建國后，才改為白色陶瓷瓶和人們見到的乳白色避光玻璃瓶，古色古香，樸實大方。

茅臺酒用高粱皮厚，并富含2%－2.5%的單寧，通過茅臺工藝發酵使其在發酵過程中形成兒茶酸、香草醛、阿魏酸等茅臺酒香味的前體物質，形成茅臺酒特殊的芳香化合物和多酚類物質等。這些有機物的形成與茅臺酒高粱及地域微生物群系密切相關，也是茅臺酒幽雅細膩、酒體豐滿醇厚、回味悠長的重要因素，特別值得一提的是茅臺酒富含一定的多酚類物質，適量飲用，不傷肝。

釀制茅臺酒的用水主要是赤水河的水，赤水河水質好，用這種入口微甜、無溶解雜質的水經過蒸餾釀出的酒特別甘美。故清代詩人曾有“集靈泉于一身，匯秀水東下”的詠句贊美赤水河。茅臺鎮還具有極特殊的自然環境和氣候條件。它位于貴州高原點的盆地，海拔僅440米，遠離高原氣流，終日云霧密集。