存在違約行為：申請人未履行合同義務（如工程質量不合格、逾期完工、貨物交付違約等），受益人依據保函提出索賠，保證金將用于賠付損失，可能部分扣除或全額不予退還。
示例：某施工企業因工期延誤導致業主索賠，銀行從其 30% 履約保證金中扣除相應金額補償業主，剩余部分才予以退還。
保函有效期內發生索賠糾紛：若索賠爭議未解決，保證金會被擔保機構暫存，待糾紛判決或協商一致后，按結果處理（如判定申請人違約則扣除相應金額）。
違反保函特殊約定：部分保函會約定額外義務（如不拖欠工人工資、不破壞環境等），若申請人違反，保證金可能被部分扣除。
保函存在欺詐或違法情形：若申請人通過虛假材料騙取保函，或利用保函從事違法活動，保證金不予退還，還可能面臨法律追責。
