主要缺點：受限于材質特性的使用局限
無酸紙檔案盒的缺點主要源于 “紙質材質” 的固有屬性，在特定場景下需注意規避：
防水、防污性能弱，易受環境影響無酸紙本質仍是紙質材質，不具備防水性 —— 若不慎接觸液體（如灑水、檔案柜漏水），盒體易受潮變軟，甚至滲透到內部檔案，導致文件損壞；同時，表面若沾染油污、墨水等污漬，難以清潔且會留下痕跡，影響外觀和檔案整潔度。因此，無法在潮濕（如地下室、倉庫角落）或易污染（如實驗室、生產車間）的環境中直接使用。
抗沖擊性差，難以保護脆弱檔案無酸紙盒體硬度有限，若受到外力撞擊（如檔案柜傾倒、搬運時碰撞），盒體易變形或破損，無法像塑料盒、金屬盒那樣為內部檔案提供 “剛性保護”。對于本身脆弱的檔案（如殘缺的歷史文件、薄如蟬翼的古籍復印件），單獨使用無酸紙檔案盒可能不足以避免破損，需額外搭配文件夾、襯紙等輔助保護。
長期成本較高，性價比需結合需求判斷無酸紙的生產工藝（如去除酸性物質、添加抗老化劑）比普通牛皮紙更復雜，因此單價通常是普通牛皮紙檔案盒的2-3 倍，是塑料檔案盒的 1.5-2 倍。若需大量采購（如企業年度檔案整理需數千個盒子），長期成本較高。對于 “短期保管（3 年以內）、使用頻率低、無重要價值” 的檔案（如臨時會議紀要、普通報銷憑證），使用無酸紙盒可能造成成本浪費。
堆疊高度有限，空間利用率受影響盡管無酸紙盒挺括度較高，但長期超高層堆疊（如超過 5 層）時，底層盒體易因受壓過大而變形，甚至擠壓內部檔案。相比塑料盒（可堆疊 8-10 層仍保持穩定），無酸紙盒對檔案柜的 “層高規劃” 要求更高，空間利用率稍低。
