胎兒親子鑒定的風險因檢測技術類型和操作方式不同而存在差異，主要分為有創檢測和無創檢測兩類，風險程度差異顯著。
傳統有創胎兒親子鑒定包括絨毛穿刺和羊水穿刺，需通過穿刺手術獲取胎兒樣本，存在明確操作風險。絨毛穿刺在孕 10-13 周 + 6 天進行，通過超聲引導經腹或陰道取絨毛組織，流產風險約 0.5%-1%，感染風險約0.1%-0.3%，還可能出現胎兒損傷、出血等并發癥。羊水穿刺在孕 16-22 周實施，經腹穿刺取羊水，流產風險較低，約 0.2%-0.5%，感染和羊水滲漏風險雖低，但仍可能影響胎兒發育，極少數情況會發生胎兒損傷。
無創胎兒親子鑒定通過采集孕婦外周血檢測，無需穿刺，風險極低。其原理是提取母血中胎兒游離 DNA 與疑似父親樣本比對，準確率達 99.99% 以上。該方式僅需常規抽血，無創傷性，避免了有創操作的流產、感染風險，對孕婦和胎兒無直接危害。僅極少數情況因胎兒游離 DNA 濃度不足導致檢測失敗，或因孕婦染色體異常、近期輸血等影響準確性。
綜上，有創檢測存在明確風險，需嚴格評估；無創檢測性高，為優先選擇。建議在正規機構進行，術前與醫生充分溝通。
