企業所得稅的計算方式分為應納稅所得額的計算和應納稅額的計算兩部分。具體如下：
應納稅所得額的計算
直接計算法：應納稅所得額 = 收入總額 - 不征稅收入 - 免稅收入 - 各項扣除 - 允許彌補的以前年度虧損。其中，收入總額包括企業以貨幣或非貨幣形式取得的各類收入，如銷售貨物、提供勞務、租金、股息等；不征稅收入如財政撥款、依法收取并納入財政管理的行政事業性收費等；免稅收入包含國債利息收入等特定項目；各項扣除涵蓋成本、費用、稅金、損失和其他支出等符合規定的項目；允許彌補的以前年度虧損是指企業依照稅法規定計算的以前年度尚未彌補的虧損。
間接計算法：應納稅所得額 = 會計利潤總額 ± 納稅調整項目金額。會計利潤總額是企業按照會計準則計算的利潤，納稅調整項目金額是指會計處理與稅法規定不一致的項目，需要進行調整，如業務招待費、廣告費和業務宣傳費等的調整。
應納稅額的計算：應納稅額 = 應納稅所得額 × 稅率 - 減免稅額 - 抵免稅額。一般企業適用稅率為 25%，小型微利企業適用 20% 的稅率（實際稅負可能更低），高新技術企業減按 15% 的稅率征收。減免稅額和抵免稅額是依據稅收優惠政策等確定可減免或抵免的稅額部分，如研發費用可加計扣除 75% 或 （根據政策），企業購置用于環境保護、節能節水、生產等專用設備的投資額，可以按一定比例實行稅額抵免。
此外，對于財務制度不夠健全、不能準確核算成本、費用和利潤的企業，稅務機關可能會采用核定征收的方式。核定征收又分為定額征收和核定應稅所得率征收兩種方式：
定額征收：應納稅額 = 核定的應納稅所得額 × 適用稅率。
核定應稅所得率征收：應納稅所得額 = 收入總額 × 應稅所得率，或應納稅所得額 = 成本（費用）支出額 ÷（1 - 應稅所得率）× 應稅所得率；應納稅額 = 應納稅所得額 × 適用稅率。
