文書檔案是指反映黨務、行政管理等活動的檔案。在企業一般也可以把經營管理和生產管理工作形成的文件材料列入文書檔案的范圍。目前，文書檔案的整理有兩種方法，即按“卷”整理或按“件”整理。
按“卷”整理是一種傳統的方法，一般可分以下幾個步驟：
（1）分類。分類方法有多種，常用是年度分類法和問題分類法。年度分類法就是按照文件內容針對的時間把屬于不同年度的文件分開。問題分類法就是按照檔案所紀錄的主要內容對檔案分門別類。在企業檔案工作中我們可以把文書檔案工作檔案分成黨群工作、行政管理工作、經營管理工作、生產技術管理工作等四類。我們認為文書檔案運用年度――問題分類法來分類是比較符合實際需要的；
（2）組卷（即組成案卷）。它是檔案整理的基本環節，其實質是將一組密切聯系的文件材料組合在一起，便于保管和利用。文書處理部門通過平時歸卷將已辦理完畢的文件分別歸入有關卷夾，為年終立卷工作打下良好的基礎。在確定某組文件能否組成一卷之前，還必須對已歸檔文件進行后的調整，然后進行具體的系統整理組合。對歸檔文件檢察調整的內容包括：應歸檔的文件是否收集齊全完整；歸檔的文件是否屬于本年度、本部門的立卷歸檔范圍；每個卷夾內的文件是否保持了文件之間的有機聯系，反映了立卷的特征；檢察各卷夾內文件的保存價值是否大體一致，并確定保管期限；檢查各卷夾內文件數量是否適當；
（3）卷內文件材料排列（按文件形成的時間先后或重要程序排列）；
（4）根據排列結果，對卷內文件材料有圖文的頁面逐頁編號；
（5）編制卷內目錄（樣式附后）和備考表；
（6）按卷內目錄、文件材料、備考表的順序排列后裝訂成卷或按件放入檔案盒內；
（7）擬寫案卷標題，填寫案卷封面。案卷標題即案卷題名，是案卷的名稱，是對卷內文件材料的高度概括。擬寫案卷標題內容概括確切，文字上要簡練通順，標題字數一般不超過50字為宜。標題結構一般由主要發文機關、內容、文種三部分構成；
（8）案卷排列與編號。案卷排列要保持案卷之間的有機聯系和條理性，一般可按先，長期，短期來進行排列，然后按排列順序每年編一個流水號；
（9）編制檔案案卷目錄。案卷目錄由歸檔號、案卷號、題名、年度、頁數、保管期限、備注等組成，案卷目錄可以多年編成一本或一年多本。
按“件”整理要以計算機管理為前提條件，主要步驟有:
（1）對歸檔文件逐件裝訂固定；
（2）對歸檔文件以“件”為單位進行年度――保管期限分類（不確定期限的，只按年度――問題分類即可）；
（3）對分類后的歸檔文件按時間、重要程度排列，其中對成套性文件材料相對集中；
（4）根據排列結果逐件在歸檔文件上方空白處加蓋“檔號章”（樣式附后），并填寫有關欄目的內容；
（5）編制歸檔文件目錄（樣式附后）；
（6）將歸檔文件按連續件號順序裝入無酸紙檔案盒。
