牛皮紙檔案盒在功能和用途上有著細致的分類。從用途角度，常見的有文書檔案盒、科技檔案盒、會計檔案盒等。文書檔案盒主要用于存放各類公文、文件、信函等文字材料，其設計注重文件的規整放置與便捷查找。科技檔案盒則針對科技研發、工程建設等領域的技術圖紙、實驗報告等檔案，這類檔案盒通常在尺寸和結構上會考慮到圖紙的大小和折疊方式，方便圖紙的收納與展開。會計檔案盒用于存放會計憑證、賬簿、報表等財務資料，會有專門的隔層或分區設計，便于分類整理和管理。
根據檔案盒的結構差異，又可分為有扣式和無扣式。有扣式牛皮紙檔案盒，配備金屬扣或塑料扣，能將盒蓋牢固地固定在盒體上，防止文件意外散落，適合存放重要且需長期保存的檔案。無扣式則相對簡潔，開合方便，適用于頻繁取用的檔案資料。此外，還有帶標簽欄的檔案盒，方便使用者在標簽上標注檔案內容、編號等信息，提案檢索效率。
