二者材料不同，原子章的材料已經過印油浸過，用時不用沾印泥，橡皮章是橡膠的用時要沾印泥。

原子章有蓋，不用印泥攜帶方便，油干后可買原子油自己涂抹加油。

原子印章亦稱萬次印章，屬于現代高科技產品。它字跡清晰，印油均勻、鮮艷；防偽性強，不易為一般工具制做；印章印油混為一體，使用方便，蓋印迅速快捷，故被列為我國推廣使用新產品，許多省市政府都行文規定各機關、團體、工廠、企業必須統一使用原子印章。原子印章和普通印章的區別在于：它的印油一次性注好就可以反復用好多次,而普通印章可就要時刻用印泥。但是原子印章用久了會嚴重變形而導致銀行審核票據時無法核對真偽。因此不能做為銀行預留章使用。