一般來說，正確安裝、選址和維護的化糞池系統不會對水質產生不利影響。在某些情況下，設計可能需要進行高級處理以降低廢水強度、氮污染的影響，或者在靠近地表水的物業中包括。
如果系統出現故障或者是直接排放到地下水中的舊系統，則不會對廢水進行處理以降低病原體或營養物水平。如果該排放物靠近水體，可能會對水質產生負面影響。
這些影響的例子可能包括：
影響飲用水井的病原體、化學物質或營養物質對地下水的污染。
地表水可能被大腸桿菌等病原體、化學物質和包括氮和磷在內的營養物質污染。
病原體可能會導致休閑游泳區出現疾病，甚至需要關閉海灘并對人類和寵物造成危害。過量的氮和/或磷會導致藍藻或藍藻在短時間內過度生長，從而引發藻類大量繁殖。藻類的過度生長會消耗氧氣并阻擋水下植物的陽光。當藻類終死亡時，水中的氧氣就會被消耗掉。這可能導致魚類和其他水生生物死亡并形成區域性“死區”。
沿海水域對化糞池系統故障造成的氮污染更敏感。
淡水河流、湖泊和池塘對化糞池系統故障造成的磷污染更敏感。
可能需要在區域或流域層面解決彼此靠近的化糞池系統以及環境敏感地區的水體出現故障的累積影響。
