三格式化糞池是由三個相互連通的密封糞池組成，糞便由進糞管進入池依此順流至第三池，其各池的主要原理：
池
主要截留含蟲卵較多的糞便，糞便經發酵分解，松散的糞塊因發酵膨脹而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的糞皮、中層的糞液和下沉的糞渣。利用寄生蟲的比重大于糞尿混合液的原理使其自然沉降于化糞池底部。利用糞液的浸泡和翻動化解糞塊使其液化并截留糞渣于池底。厭氧發酵：化糞池的密閉厭氧環境，可以分解蛋白性有機物，并產生氨等物質，這些物質具有殺滅寄生蟲卵及病菌的作用。
第二池
進一步發酵、沉淀作用，與池相比，第二池的糞皮和糞渣的數量減少，因此發酵分解的程度較低，由于沒有新糞便的進入，糞液處于比較靜止狀態，這有利于漂浮在糞池中的蟲卵繼續下沉。
第三池
主要起儲存糞液的作用。經前二格處理的糞液進入第三池，基本上已經不含寄生蟲卵和病原微生物，達到了糞便無害化要求，可以供農田直接施肥。化糞池技術類型
泥水混合
傳統化糞池的應用已經有一百多年歷史，技術路線是污水和污泥接觸的模式，沉積的污泥消化降解產生沼氣、二氧化碳、硫化氫等消化氣，消化氣的上浮作用對污泥產生擾動，消化氣對污泥的擾動作用能夠讓污泥與生物菌群的混合更充分，有助于消化降解。但底部污泥隨消化氣上升，氣泡逸出后，污泥又重新向下沉淀，這些上升和沉淀的污泥又重新污染污水。
在化糞池污水與污泥接觸混合的技術模式下，影響化糞池的沉淀及出水水質，需要延長污水停留時間來改善沉淀效果及出水水質，污水停留時間一般為12-24小時。
三相分離
三相分離化糞池技術是在傳統化糞池的基礎上，保留了化糞池中泥水混合的優點，增加了"污水、污泥、消化氣"三相分離的技術，在化糞池的出水端設置三相分離裝置，使出水端的污泥、消化氣與污水處理過程分離，避免氣浮現象對污水處理的干擾。出水端的沉淀槽參照平流沉淀池技術標準，污水沉淀時間2小時之內。
技術對比
化糞池的容積由污水容積和污泥容積構成，三相分離化糞池中污水停留時間4-6小時，相對于泥水混合化糞池中污水停留時間12-24小時，通過縮短污水停留時間而節省了有效容積，所節省有效容積能夠存儲更多的污泥。
