在臺灣，珍珠奶茶是具有相當的自主性的，而珍珠奶茶店通常也以復合式經營，不單只提供紅茶、綠茶、奶茶、咖啡等飲料，還有各式各樣能代表各店特色的“特調飲料”，而一些常客也會創造出自己專屬的口味。

調味茶：梅子（酸梅）：梅子烏龍茶、梅子紅茶、梅子綠茶等。養樂多：養樂多紅茶、養樂多綠茶等。

調酒材料（如薄菏糖漿、石榴糖漿等）：薄菏綠茶、石榴紅茶等。

各式花茶：可單獨販售或加入奶茶，如薰衣草奶茶。

加入的材料：珍珠：即粉圓，有分大顆（波霸）及小顆。龍珠：亦稱“包心粉圓”，加入一顆完整的紅豆于珍珠的核心中，直徑10mm以上，有“外軟心脆”的口感。

椰果：如椰果紅茶、椰果綠茶、椰果奶茶等。

點子：會Q的小粒方塊狀咖啡凍。

布丁：有以加入市售（或自制）的固體狀布丁，也有些店面是以布丁粉作為調味，以奶茶常加入布丁。

仙草（廣東人稱作涼粉）：有些原先于冬日賣燒仙草的店家，于夏日時轉型后的產物，后來被多數店家隨后跟進使用。

愛玉：跟仙草有點類似，早期原先出沒于鄉下的傳統市場，后來轉型時也帶入飲料的口味變化，部分非連鎖店家較常見。

蒟蒻：于前些日子很紅的健康食品，隨后因為市場追求健康取向，而被廣泛應用于各飲料之中，大多為有嚼勁的口感。

QQ：椰果+珍珠+蘆薈

額外的選擇：

甜度：基本上以果糖為主，每家店的基本甜度都略有不同，且與制作的店員有關，若沒有特別說明就是基本甜度。

全糖 / 十分糖：果糖量依各店家標準不同，放入標準的量。

半糖：果糖量只放該店家標準之一半。

少糖 / 微糖 / 三分糖：果糖量少于該店家標準之一半，多為三分糖（清心），或兩分糖（微糖）。

無糖：不添加任何甜味，也有一些擔心珍珠熱量，或是只想喝珍珠甜味的顧客會選擇無糖。

十二分糖：果糖量高于標準，由于部分店家冰塊的使用量較大，有些顧客擔心放久了不甜，因此會要求店家糖加多一點，此種說法是比較口語化的說法，等同于請店家糖加多一點之意，有點行家的點餐法之一。

冰量：珍珠奶茶多半是冷飲，因此會加冰塊，但冰塊若太多則時間一長便會使飲料味道變淡，因此，有些店家會特意將奶茶調的較甜，讓冰塊融化后仍能保有甜味。但因冰塊會占去杯子的體積，且大多數店家奶茶均為預泡已放在冰箱內冰過，故一些精打細算的人會要求去冰以喝到較多的飲料。另有許多注意健康或女性朋友，在特定期間也會選擇去冰。

全冰：冰塊量依各店家標準不同，放入標準的量，一般冰量如果沒有特意要求店家減量，幾乎都是全冰。（近半杯以上的容量都是冰塊，冬天飲起來非常冰冷，也容易造成飲料先甜后淡的情況出現。）

少冰：冰塊量依各店家標準不同只放一半，不過依店家習慣不同，標準不一定介定于一半，大部分顧客都會選擇少冰，避免飲料先甜后淡，亦屬行家的點法之一。

少少冰：又稱微冰，冰塊放到約只有飄浮在杯部上層的一至三層，大多是會在短時間喝完的顧客所會要求的方式之一。

去冰：只放一些冰塊，讓飲料于調味完成后只有冰涼感而看不見冰塊；有些店家的飲料原先就已經有冰涼，則是直接不放任何冰塊。

加厚：不加水稀釋。