臺灣有二間店鋪宣稱是珍珠奶茶發明者。一說臺中市經營泡沫紅茶店“春水堂”的劉漢介先生，自稱于1983年開始實驗制作奶茶，又說是店內女職員無意中調制成功。當時所加材料為水果、糖漿、糖漬地瓜、和粉圓。他推出的奶茶剛開始的時候并不受到歡迎，但是偶然機緣下，經一家日本電視節目的訪問后，終于吸引了生意人的注意。

另一說則是臺南市翰林茶館涂宗和先生所發明，據稱約1987年在鴨母寮市場見得白色粉圓而得到靈感。故早期珍珠為白色，而后才改為黑色今貌。但這兩間店皆未申請專利權或商標權，使得珍珠奶茶成為臺灣代表性的人民飲料。

1990年代前半，首先是列入“小歇”等連鎖泡沫紅茶店的菜單，由于泡沫紅茶店是咖啡店在臺灣流行之前，上班族談生意與學生聚會的熱門場所，珍珠奶茶開始廣受學生喜好。接著，在學校附近或補習班密集的地區、夜市等，逐漸出現珍珠奶茶的攤販。1990年代后期，有業者引進“自動封口機”取代傳統杯蓋。許多新的投資業者，如航帆食品、樂立杯、綠的夢奶茶、休閑小站、大聯盟、快可立等，采用自動封口機開始拓展連鎖外帶飲料店業務。自此，外帶式的珍珠奶茶店成為主流，也因為連鎖店的參加，商人開始將珍珠奶茶拓展到全世界，成為臺灣國際知曉的知名食物之一。為了爭誰才是發明珍珠奶茶，“春水堂”和“翰林茶館”曾互相告到臺灣法院。

提起珍珠奶茶，臺中市是發源地，臺中市民早享受它迷人的滋味。1987年，臺中市政府附近的茶館首先推出珍珠奶茶，因口感Q軟、搭配濃淡合宜的奶茶，滋味超優，原創者就是春水堂現任產品研發部經理林秀慧。林秀慧回憶著說，父母親曾在菜市場擺攤做生意，她國小起假日必到菜市場幫忙，當時市場里讓她印象深刻的，就是一位“粉圓伯”，每天期待的事，就是和哥哥分享一碗熱熱、粘稠且口感滑Q的粉圓；從此嘴饞時， 她就會動手煮一鍋粉圓解饞。

1984年，林秀慧進入當時四維街、春水堂的前身的“陽羨茶行”從事吧臺工作， 她學會調茶做飲料，尤其鐘情奶茶，隨后升任采購，到傳統場采買時，看到“粉圓”總順手買一包回店里，接著她嘗試讓粉圓與奶茶結合，一杯杯動人口感的珍珠奶茶就這樣誕生。初期，珍珠奶茶有如林秀慧的“私房茶”，只分享老板與同事，因大受好評，1987年林秀慧升任四維店的店長時，想賣這款私房茶，同事們于是一起動腦筋為茶飲命名，有人忽發奇想“奶茶里的粉圓一顆顆像珍珠般”，于是“珍珠奶茶”這個美麗名號就這樣叫開了。很快地，這款茶飲紅遍臺中市各泡沫紅茶店，1個月后、整條四維街、市府路近大小紅茶店，全部賣起珍珠奶茶。有一度珍珠奶茶成臺中飲品的特色飲品，外地民眾到臺中，必定來上一杯；3個月后更驚人，幾乎全臺都看得到珍珠奶茶身影，因臺灣茶店拓展海外連鎖，帶著這款茶飲遠征中國大陸、東南亞；歐洲與美洲都喝得到它，日本餐飲業者為了學“正統”的珍珠奶茶，還專程到臺中市茶店取經，希望調制出臺灣味的茶飲。直到今天，雖然茶飲不斷翻新，珍珠奶茶依然穩居各泡沫紅茶店、茶攤與連鎖店點單率前3名。