運輸中商品遭受物理損傷對質量影響很大。造成物質損傷的主要原因是不良操作、超載、堆垛安排不當等。長期以來不良操作是引起水果質量損傷的一個主要因素。雖然使用包裝對緩解運輸中商品遭受物理損傷的程度起很大作用，但是，仍然不能防止運輸中不良操作的影響。絕大多數水果含水量較高，屬于鮮嫩易腐性產品，如果在運輸裝卸操作中不注意輕裝卸就會遭受破損。破損后的商品不易儲藏，十分容易引起腐爛，因而在水果運輸中要嚴格做到裝輕卸在許多國家里，超載都是一個普遍的問題。運輸業務人員往往想在一輛車上盡量多裝，以便從一批貨物中獲得更多的經濟效益，在運輸人員的工作與商品質量無經濟聯系的情況下，這個問題就會變得更加讓人擔心。

運輸中碼貨的安排也是十分重要的，即便貨物沒有超載，也需要小心地將一車水果有秩序地堆好、碼好、較大限度地保護好。各包裝之間要靠緊，這樣在運輸中各包裝物間就不會有太大的晃動。包裝要放滿整個車的底部，以保證貨物中的靜壓分布均勻。要注意垛碼不要超出車邊緣。要使下層的我裝承擔上層整個包裝件的重量而不是由下層的商品來承受上層的重量。為此，長方形的容器比較好，形狀不規則的容器，如竹筐、荊條筐，要堆放成理想的格式就困難得多。