歸檔文件的整理原則，可概括為“遵循文件的自然形成規律，保持文件之間的有機聯系（計劃與總結，安排與匯報，關于干部任免、工資、退休的，通知，思想工作，關于教育，文化、宣傳品質，關于經濟的，關于生產的，關于農業工作的），區分不同價值，便于保管和利用”。與傳統立卷原則相比較，兩者是基本規律客觀存在的。文件整理歸檔的目的，是將機關職能活動中形成的，能反映出機關基本活動面貌的文件材料保存下來，以便今后和歷史研究查考。因為條件的變化，具體整理方法可以不同，但都必須遵循歸檔文件整理的基本規律，才能達到便于保管和利用的共同目的。
1、遵循文件的形成規律，保持文件之間的有機聯系。
文件的形成不是任意的，而是伴隨著各機關，團體和社會組織的職能活動產生的，有其自身規律和特點。不同的機關，盡管其職責和業務范圍各不相同，但各項職能活動總是存在著各方面的聯系，所形成的文件之間自然有一定規律，這種規律也就是文件之間有機聯系的具體表現。文件之間的這種聯系職能反映出機關職能活動的歷史面貌，同時也符合人們查找利用檔案的心理預期，為檢索提供了線索。因此，進行歸檔文件整理工作，必須遵循文件的形成規律，保持文件之間的有機聯系（一個會議形成的文件材料就是有機聯系的整體，歸檔時應該按期限放在一起，批復與請示應該放在一起，裝在一個盒內）。
2、區分不同價值
不是所有辦理完畢的文件材料都需要整理歸檔，而是要依照《機關檔案歸檔與不歸檔范圍》和《文書檔案保管期限表》的規定，區分歸檔范圍不同文件價值，劃定不同保管期限。對于保存價值大，保管期限長的文件，重點整理和保管；對保存價值小，保管期限短的文件，根據條件區別對待（這次全市文書立卷改革工作考慮到這因素，保存的用硬紙盒，長期的則用軟紙盒，短期的用卷皮裝訂）；對無保存價值的，不須歸檔的文件，則可以銷毀。通過將不同價值的文件區別整理，可以合理使用人力，物力、財力和時間，同時不同價值的文件經過整理后相對集中，為日后檔案進行保管利用，以及到期移交進館也提供了方便（例：一個會議的形成文件材料，雖然他們之間有機聯系，但必須區分不同價值，會議、通知、日程表，領導講話、工作報告等屬于保存，會議上的紀錄、簡報、交流材料、典型材料屬于長期保存，會議的小組記錄，事務性文件屬于短期保存）。
3、便于保管利用
這是歸檔文件整理基本的原則，也是檢驗歸檔文件整理方法實用性的標準。執行文件級整理，正是新形勢下對這一原則的合理發揮。在整理原則中，遵循文件的形成規律，保持文件之間的有機聯系，區分不同價值。是手段，“便于保管和利用”則是終目的。從根本上說，二者是相互影響，相互制約的關系，任何片面地強調某一方面，忽視甚至無視另一方面的做法都是不可取的。有的地方有的部門采取取消分類，排列時不強調事由，不區分保管期限。完全按歸檔文件形成時間或文號對歸檔文件進行排列，依靠計算機進行檢索。這種做法從目前能夠滿足利用需要，但由于檔案間缺乏邏輯聯系，以及同一事由或問題的檔案被分散到多個檔案盒中，從長遠看，特別是對檔案移交進館之后，將會給系統利用檔案帶來很大困難。因此，在處理類似問題時，要堅持以便于保管利用為出發點，具體情況具體處理，才能更好地實現文件整理目的。
