化糞池的生態環境變的越來越困難，以前的化糞池是靠微生物菌種來分解污泥的，現在就不是了嗎？還是，只是我們現在使用的清潔劑、水清潔廁所時，這些化學劑順著水管流到化糞池后，被殺死，自然分解能力就下降，化糞池就變成了一個不會分解的容器，作用變成盛裝。

微生物有三種，一種是好癢型，一種是厭氧性，還有一種是兼氣型。化糞池由于環境特殊，氧氣較少，所以大部分微生物是厭氧性，但是要有效率的分解水肥，那么就需要一定數量的微生物，微生物不夠多，化糞能力自然就下降，這也是為什么現在的化糞池越來越不會化糞的原因。