化糞池作為有一百多年歷史的傳統環保設施，發揮了重要作用，但是隨著社會的進步和城市現代化的發展，也出現了與社會發展背離的問題，亟待解決，主要表現在：

污泥的處置問題

按照化糞池的技術標準，化糞池的污泥清掏時間一般為90天、180天、360天，被清掏的污泥可以作為有機肥料，或者進行無害化處置。但是，隨著化肥的廣泛使用，社會的發展，使用糞便肥料越來越少，與此同時，我國污泥處置行業嚴重滯后，糞便污泥的無害化處理不足，我國13.6億人每年產生超億噸的糞便污泥，根據統計局數據，2012年無害化處理的糞便污泥只有801.4萬噸。大量糞便污泥的清掏轉移，造成了二次污染。因此，如果不能解決化糞池污泥的無害化處置問題，化糞池污泥就會成為水污染的污染源，化糞池問題是關系水污染治理成效的環保問題。

化糞池的堵塞問題

化糞池沉積污泥，底部是沉積污泥，表層是漂浮污泥，中間是懸浮污泥及污水，化糞池由隔墻分隔為兩格化糞池或三格化糞池，隔墻上的過水洞口位于化糞池隔墻的中間部位，如果化糞池沒有及時清掏，當化糞池沉積污泥超出過水洞口的高度，污泥就會堵塞洞口，造成化糞池堵塞。化糞池的堵塞問題嚴重影響了用戶的正常生活，是亟待解決的化糞池應用問題。