三格化糞池由相聯的三個池子組成，中間由過糞管聯通，主要是利用厭氧發酵、中層過糞和寄生蟲卵比重大于一般混合液比重而易于沉淀的原理，糞便在池內經過 30天以上的發酵分解，中層糞液依次由1池流至3池，以達到沉淀或殺滅糞便中寄生蟲卵和腸道致病菌的目的，第3池糞液成為優質化肥。

新鮮糞便由進糞口進入池，池內糞便開始發酵分解、因比重不同糞液可自然分為三層，上層為糊狀糞皮，下層為塊狀或顆狀糞渣，中層為比較澄清的糞液。在上層糞皮和下層糞渣中含和寄生蟲卵最多，中層含蟲卵最少，初步發酵的中層糞液經過糞管溢流至第二池，而將大部分未經充分發酵的糞皮和糞渣阻留在池內繼續發酵。流入第二池的糞液進一步發酵分解，蟲卵繼續下沉，病原體逐漸死亡，糞液得到進一步無害化，產生的糞皮和糞厚度比池顯著減少。流人第三他的糞液一般已經腐熟，其中病菌和寄生蟲卵已基本殺滅。第三池功能主要起儲存已基本無害化的糞液作用。

三格化糞池廁所的地下部分結構由便器、進糞管、過糞管、三格化糞池、蓋板五部分組成。便器：由工廠加工生產或白行預制，便器采用直通式，與進糞管聯接，也可使用水封式便器，不再安裝近糞管。

進糞管：塑料、鑄鐵、水泥管均可，內壁光滑、防止結糞、內徑為10cm，長度為30-50cm。過糞管：以塑料管為好，直徑為10-15cm，1-2池間的過糞管長約70-75cm，2-3池間的過糞管長約50一55Cm。

三格池：用磚砌水泥粉壁面或水泥現澆，預制均可，以"目"字形為主要類型，若受地形限制，"品"形、"丁"個型擺都也可。容積達到貯糞2個月為宜。三格池有效深度應不少于1 cm ，1至3格容積比例一般為2：1：3。

蓋板：可自行預制，要做到既密閉，又便于清渣和取糞。