化糞池在減排環保方面有重要作用，但同時也存在負面問題，主要表現在堵塞問題、爆炸問題、環衛及二次污染的處置問題，這些問題在公共、公共環衛、環境保護等方面都造成不良影響。另一方面，由于一些污水處理廠水質處理不達標，進水COD與設計值不匹配等因素，也就出現了取消化糞池，提高污水處理廠污水進水C/N的聲音。

化糞池的負面影響也是取消化糞池的主要理由。