(1)耐久性差。一般的膜材使用壽命為15～25年，與傳統的混凝土及鋼材相比有較大的差距，與“百年大計”的設計理念不同。

(2)隔熱性差。如果強調透光性，只能用單層膜，隔熱性就差，因而冬天冷、夏天熱，需要空調。

(3)隔音效果較差。單層膜結構只能用于隔音要求不高的建筑。

(4)抵抗局部荷載能力差。屋面會在局部荷載作用下形成局部凹陷，造成雨水或雪的淤積，使屋蓋在淤積處的荷載增加，可能導致屋蓋撕裂(帳蓬結構)或翻轉(充氣結構)。

(5)充氣結構還需要不停地送風，因此維護和管理特別重要。另外。氣承式充氣結構必須是密閉的空間，不宜開窗。

(6)環保問題。使用的膜材都是不可再生的，一旦達到使用年限，拆除的膜材便成為城市垃圾而無法處置，正在研制開發膜材的可回收利用，并已取得了一定的進展。