木質包裝箱在使用的時候是要經過檢疫部門檢查的，特別是出口用的，要檢查有害生物。

檢疫發現木質包裝箱無標識、標識不符合要求或截獲活的有害生物的，檢驗檢疫機構將監督貨主或其代理人對木質包裝實施除害處理或銷毀處理，無有效處理方法的，連同貨物一起作退運處理。

寬限期內，對已加貼IPPC專用標識的，進行抽查檢疫，經查驗發現活的有害生物的，對木質包裝進行除害或銷毀處理。對發現所加施IPPC專用標識不符合IPPC樣式要求且經查驗發現活的有害生物的，對木質包裝進行除害或銷毀處理。

對無IPPC專用標識的，向進口商或其代理人發出違規通知；經查驗發現活的有害生物的，對木質包裝進行除害或銷毀處理。寬限期內，一般不采取退運措施。