1、法律方面的一些缺失
電子票據的發展雖是必然趨勢，也有許多優勢，但是，目前我國電子票據的使用仍然存在諸如在《票據法》中存在一定的缺失，因此，我們要從確立電子票據法律地位、建立電子票據登記機構、完善電子票據制度、將電子票據納入《票據法》“書面形式”、建立統一的電子票據平臺，實現票據的電子化注冊和集中、引入“支付命令”、健全電子化權利轉讓制度等方面加以防范，以使電子票據更好地為經濟發展服務。
2、電子票據的接受度不是特別高
很多企業的管理人員、財務人員，對于電子票據的認可度還是比較有限，適用的范圍也不是很廣，因此電子票據的流動性會受到一定影響。有部分地區的企業對電子票據、電子匯票等不太放心，這影響到電子票據的流通效率和交易效率。
3、出現追索難的問題
票據追索權糾紛一般來說也會具有案件爆發頻繁、法律關系復雜、“技術”含量較高的特點，這就需要專業的風控和法務團隊來為此保駕護航。例如早票網平臺，有著專業風控與法務團隊，訴訟追索成功率可達。
4、IT風險
對于電子票據，其還面臨電子載體的各種系統性風險。包括數據文件丟失、系統癱瘓、網絡攻擊風險等等，這也是電子載體問題的共性。當然，在早票網，強大的技術團隊讓你免除這些后顧之憂。
5、道德風險
在近期一些電子票據案中，就暴露了銀行內部人員在審核上不嚴格執行的道德風險問題。
曾有報道稱，有銀行離職員工冒充工商銀行廊坊分行工作人員身份，偽造該銀行相關資料及印鑒，在工商銀行廊坊分行用假公章開設了河南焦作中旅銀行的同業戶，而廊坊分行工作人員由于沒有嚴查法人是否簽字，就開設了同業戶，并以工行的電票接入系統開出了數十億的電子票據。
目前，電子票據系統的整個管理程序，在防范上，都顯得過于“粗心”，對道德風險的防范也不足，因此這也是電子票據的使用過程中的道德風險問題。
雖說上面的5大黑洞（風險）的存在，但電子票據這種形式在當前環境下還是最適合中小企業快速發展，也是一種便捷有效的融資渠道，對于票據市場的運轉，總是有個完善的過程，故在使用過程中，建議還是先要多加注意，防患于未然。
當然，近幾年在央行發布224號文推行電票的背景下，隨著票交所的上線，電票的交易主體地位被確定，票交所對紙質票據電子化的安排以及電票的配合推廣，電票已成為商業銀行發展票據業務的必然趨勢。
從商業承兌匯票業務來看，央行鼓勵企業使用電子商業承兌匯票，同時票交所的建立使得企業信用評估體系更加完善，市場信息更加透明化，利率報價公開，銀票業務利差收窄，開展商業承兌匯票業務進行票據業務轉型，實現票據業務盈利的新渠道已成為全國眾多銀行密切關注的方向。如何提升行內商票操作技能優化流程、如何把控商票業務開展的風險、如何快速實現商業承兌匯票業務推廣搶占商業承兌匯票市場，成為商業銀行發展商業承兌匯票業務亟需解決的難題。
