在辦理程序上有區別：
如果自己注冊的話，必須去所在的當地工商局辦理；委托公司代理公司注冊的話，則不需要自己到工商局辦理，只需要提供相關的材料給代理公司就可以了。
第二：費用上有區別，
自己去辦理的話，只需要刻章以及證件的費用。如果委托代理公司注冊，則還需要給代理公司代理費，代理費用視當地經濟水平以及代理公司的收費水平，當然，一般來說，這些代理費用是不包括證件費用和刻章的費用的。
第三：時間上有區別
自己去辦理公司注冊的話，由于對這些辦理程序都不熟，辦理的時候比較慢；而委托代理公司去辦理，由于他們比較所以速度很快，企業能更快的拿到證件，經營公司的業務。
