關于黃蠟石的形成原因，近年來各地多有研究。

浙江省地質礦產研究所、浙江省珠寶玉石首飾鑒定中心，對省內黃蠟石資源進行野外實地調查，并對其寶石學、礦物學特征進行了系統研究，認為產出黃蠟石的最古老的地層是震旦系上部皮園村組化學成因的硅質巖，經成巖、變質及風化磨蝕而形成。中生代火山巖中產出的大量硅質巖脈也提供了豐富的成礦“原料”。

黃蠟石的原巖均為硅質巖，各種原巖受到構造變動、火山活動、熱液作用等影響，產生復雜的物理和化學變化，包括重結晶、熱變質等，導致礦物成分及結構構造的變化，后受構造變動的影響，巖石露出地表，與地表酸性土壤環境長期接觸，或在溪流中長期磨蝕，經歷染色、磨圓，形成河谷中的籽料。

黃蠟石礦藏中有原生礦和次生礦之分，原生礦是指產自巖體中的礦體，俗稱“山料”；次生礦是指脫離母礦的石英巖，在表生作用下，離開原生礦體在異地形成的礦藏，具體有殘坡積型、水系沖積砂礦（籽料）和山流水三種存在形式。對于上述三種存在形式的黃蠟石形成原因，江西師范大學呂樺教授有更為詳盡的研究表述。

他認為，構成黃蠟石的巖石為石英巖，是一種分布廣泛、成因多樣、由二氧化硅組成的巖石。石英巖從成因上又可分為巖漿巖類石英巖和變質巖類石英巖兩種類型，巖漿巖類石英巖由富含二氧化硅巖漿冷凝而成，緩慢冷凝，形成了顯晶質石英，迅速冷凝，則形成隱晶質石英。變質巖類石英巖主要有因化學或生物化學作用形成的硅質巖、硅質膠結的石英砂巖和沉積作用形成的石英砂巖，其中石英砂巖在一定溫度、壓力下產生變質作用，形成新的石英巖，是形成黃蠟石的重要基礎。

黃蠟石在形成過程中經歷了構造、巖漿、變質等內動力地質作用和風化、剝蝕、搬運、沉積等外動力地質作用。構造作用產生的斷裂將整個巖體分為一塊塊獨立的個體，墜入山坡、河流中；風化作用改變了原巖的質地、色彩和紋理；長期的水流、風沙給巖石造成沖蝕和吹蝕；巖石在搬運過程中產生的滾動、碰撞，使得巖石的棱角被磨蝕，變得圓潤而光滑或玲瓏多變；氧化作用、交代作用和浸潤作用則形成多種色彩，如鐵的氧化和三價鐵的長期滲透、浸染，使黃蠟石呈現出高貴典雅的黃色。

不同的受力作用和過程，產生了黃蠟石不同的表現形態，原生礦料就是玉石界所稱的“山料”；次生礦料的“山流水”，系石英原巖受地質作用散落在山溝、河床淺表，經長期風化、剝蝕、氧化和礦物元素浸染而成；“籽料”，則是石英原巖受地質作用分裂、滾入河流中，經過長期的水流搬運、沖刷和礦物元素浸染而成。