有毒金屬

重金屬是化肥對土壤產生污染的主要污染物質，進入土壤后不僅不能被微生物降解，而且可以通過食物鏈不斷在生物體內富集，甚至可以轉化為毒性更大的甲基化合物，最終在人體內積累危害人體健康。土壤環境一旦遭受重金屬污染就難以徹底消除。產生污染的重金屬主要有Zn 、Ni 、Cu 、Co 和Cr 。從化肥的原料開采到加工生產，總是給化肥帶進一些重金屬元素或有毒物質，其中以磷肥為主。

營養失調

中國施用的化肥以氮肥為主，而磷肥、鉀肥和復合肥較少，長期這樣施用會造成土壤營養失調，加劇土壤P、K 的耗竭，導致硝酸根累積。硝酸根本身，但若未被作物充分同化可使其含量迅速增加，攝入人體后被微生物還原為亞硝基，使血液的載氧能力下降，誘發高鐵血紅蛋白血癥，嚴重時可使人窒息死亡。同時，硝酸根還可以在體內轉變成強致癌物質亞硝胺，誘發各種消化系統癌變，危害人體健康。