病源性檢測儀器：傳統的檢測儀器是用鏡檢和菌落計數器等，目前用于、致病菌鑒定的儀器有六種以上。廣為應用的儀器包括基因檢測儀器、碳源代謝利用率檢測儀器、生物芯片技術平臺、基于表面等離子諧振(SPR)儀器及基于特征脂肪酸譜的儀器。

微生物毒素檢測儀器：目前使用較多的是酶標儀、薄層色譜儀、測定儀等，內源毒素類可用液相色譜儀或分光光度計檢測；近年來海洋生物毒素的檢測廣泛運用液相色譜儀以及 CE 和 CE–MS 聯用儀檢測。

轉基因產品檢測儀器：主要方法包括基因轉錄水平和基因水平的檢測，主要使用離心機等制備基因樣品的設備，用基因擴增儀(PCR)和酶標儀、電泳系統等進行分離、分析和檢測的儀器。