食品儀器檢測的指標主要包括食品的一般成分分析、微量元素分析、農藥殘留分析、獸藥殘留分析、霉菌毒素分析、食品添加劑分析和其他有害物質的分析等。根據被檢驗項目的特性，每一項指標的檢驗對應相應的檢驗方法。

除傳統的常規分析方法外，儀器分析方法逐漸成為食品衛生檢驗主要的手段，包括分光光度法、原子熒光光譜法、電化學法、原子吸收光譜法、氣相色譜法、液相色譜法等。以上檢驗方法按照檢驗項目，大致可以分為無機成分分析方法和有機成分分析方法。

無機成分的分析檢驗項目主要包括微量元素中銅、鉛、鋅、錳、鎘、鈣、鐵等。分析方法主要包括原子光譜法、分光光度法、電化學法、離子色譜法等方法。

2.1原子光譜法

2.2紫外可見分光光度法

食品中無機成分的檢驗在食品檢驗中占有相當重要的地位。比如汞的測定，一直是一個被政府和民眾特別關注的檢驗項目。因為汞容易在生物體中傳遞，可以被水體蓄積。汞進入人體內，特別是進入人腦后幾乎不能夠被排出，蓄積到一定程度就會引起中毒，損害。汞的分析一般由原子吸收或原子熒光光譜法完成。

有機成分的分析一般由氣相色譜或液相色譜法以及分子光譜法完成。相關檢驗中，特別是農藥殘留，如有機氯、苯并芘、擬除蟲菊制脂、有機磷等的測定得到普遍的關注。

2.3色譜法

色譜法是分離混合物和鑒定化合物的一種十分有效的方法，既能鑒定化合物又能準確測定含量，操作也相對方便。具有分離效能高、分析速度快、靈敏度高、定量結果準確和易于自動化等特點，因此在有機成分的檢驗中得到廣泛的應用。

在分子光譜法中紅外光譜法應用較為廣泛。通常情況下，紅外光譜法與拉曼光譜法等其他分析方法結合使用，可作為鑒定化合物、測定分子結構的主要手段。