臺灣泥鰍養殖池塘過厚的淤泥為種種致病菌、寄生蟲提供了繁衍的場合，招致池塘生態條件好轉，嚴峻制約了泥鰍養殖生產。

形成泥鰍池塘水體缺氧，由于淤泥中含有少量的有機質，夏秋低溫時節，有機質在的作用下，氧化剖析，不時耗費水體中少量溶氧，每每使池塘上層水體原本未幾的溶氧耗費殆盡，形成缺氧形態。在缺氧形態下，少量繁衍，發酵剖析無機質，發作對泥鰍無益的氨、硫化氫、無機酸等物質，這些物質又比擬好氧，使池水呈現負氧形態。夜間上上層池水對流交流，而惹起整個池塘水體溶氧缺乏，若遇綿延陰雨，悶熱低氣壓天氣、雷陣雨或寒風突起等不良天氣，則缺氧更為嚴峻，固然泥鰍不象魚一樣發作泛塘殞命變亂，但會惹起泥鰍采食降落、飼料轉化率低、生長速率大幅降落。

淤泥中少量的含氮無機物，不管在亞硝化的作用下實行好氧剖析，照舊在硝化的作用下實行厭氧剖析，兩者的產品都是氨，氨的毒性很強，即便濃度很低，也會克制泥鰍和其他水生生物的生長，乃至惹起泥鰍殞命。