北京兒童醫院精神科主要服務內容為心理健康相關的問題和疾病的預防、診斷、治 療和康復，包括：注意缺陷多動障礙(多動癥)、抽動障礙(抽動癥)、孤獨癥譜系障礙、抑郁癥、雙相情感障礙、精神分裂癥、情緒障礙、品行障礙等;各種兒童青少年心理問題的咨詢，包括學習困難、人際溝通、網絡成癮、科學育兒、健全人格培養、壓力管理等。
北京兒童醫院精神科目前已開設如下專業細分門診：注意缺陷多動門診、孤獨多動抽動門診、學習困難門診、心理咨詢門診、青春期心理咨詢門診、精神病專病門診、精神殘疾評估門診、腦功能及行為發育門診、腦認知功能評估門診、心身會診聯絡門診等。
多年來，為方便患者就醫，北京兒童醫院始終堅持24小時接診。醫院積極踐行公立醫院改革，推進預約掛號工作，優化服務流程，改善患者就醫體驗，受到國家衛生健康委的肯定和廣大群眾的認可。醫院還承擔了上級部門委派的重大兒童傳染病防治、抗震救災支援、突發公共衛生事件救治等醫療任務。
2019年1月由中國醫師協會和醫師報主辦的推動行業前行的力量——第四屆《醫師報》醫學家峰會推選國家兒童醫學中心首都醫科大學附屬北京兒童醫院精神心理科榮獲2018年中國健康公益星十大公益醫院/科室獎。
