北京兒童醫院技術力量雄厚。擁有重點學科兒科學，國家兒童腫瘤監測中心、國家呼吸系統疾病臨床醫學研究中心、國家中西醫協同旗艦醫院試點單位等12個平臺，8個國家臨床重點專科，5個北京市重點實驗室，2個北京市級研究平臺以及16個市級醫療中心。醫院設有疑難罕見病例會診中心和遠程會診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內地位，是中華醫學會兒科學分會、兒外科分會，中國醫師協會小兒外科醫師分會，中華護理學會兒科專業委員會主任委員單位。
北京兒童醫院共有在職職工3210人，其中醫生968人，護士1325人，醫技462人。正高級職稱292人，副高級職稱380人，中級職稱692人。醫院擁有中國現代兒科學奠基人諸福棠、中國兒童血液腫瘤學開創者胡亞美、中國小兒外科創始人之一張金哲等國內兒科界僅有的三位院士，以及突出貢獻專家、享受政府特殊津貼人員、新世紀百千萬人才工程人選、國家杰出青年科學基金獲得者等眾多高層次人才。
北京兒童醫院精神科一直堅持心理健康應該從娃娃抓起。在兒童心理健康領域做了大量探索的工作，其中以腦與認知神經科學為主。先后承擔和參與了一系列重大的兒童神經發育領域的科研項目。
2019年1月由中國醫師協會和醫師報主辦的推動行業前行的力量——第四屆《醫師報》醫學家峰會推選國家兒童醫學中心首都醫科大學附屬北京兒童醫院精神心理科榮獲2018年中國健康公益星十大公益醫院/科室獎。
