北京兒童醫院精神科主要服務對象為18歲以下的兒童和青少年，包括精神疾病診室、心理室、心理訪談室、心理測量室、物理室、沙盤室、生物反饋室、壓力與情緒管理室、行為觀察室、科學研究室等。
北京兒童醫院精神科主要服務內容為心理健康相關的問題和疾病的預防、診斷、治 療和康復，包括：注意缺陷多動障礙(多動癥)、抽動障礙(抽動癥)、孤獨癥譜系障礙、抑郁癥、雙相情感障礙、精神分裂癥、情緒障礙、品行障礙等;各種兒童青少年心理問題的咨詢，包括學習困難、人際溝通、網絡成癮、科學育兒、健全人格培養、壓力管理等。
多年來，為方便患者就醫，北京兒童醫院始終堅持24小時接診。醫院積極踐行公立醫院改革，推進預約掛號工作，優化服務流程，改善患者就醫體驗，受到國家衛生健康委的肯定和廣大群眾的認可。醫院還承擔了上級部門委派的重大兒童傳染病防治、抗震救災支援、突發公共衛生事件救治等醫療任務。
在國內率先開展了兒童正常腦發育和神經障礙性疾病的多模態磁共振研究,首次利用酰胺質子轉移成像和磁化轉移成像技術發現兒童腦白質的游離蛋白含量隨著腦發育進程逐漸減低,提出APT成像技術可以用來監測兒童的髓鞘化形成過程。2012年1月提出腦認知功能癱瘓概念(認知癱, Cognitive palsy, CP)，是繼Kanner之后對腦認知的重大推進。這是一個全新的精神病理學概念。目前正利用彌散張量磁共振成像技術建立0-2歲嬰幼兒腦白質模板,以填充和彌補人類腦計劃中嬰幼兒腦發育的空白?
