北京協和醫院創新性提出了“待病人如親人，提高病人滿意度；待同事如家人，提高員工幸福感”的辦院理念；提煉出了“學術、品質、人文”的百年協和內涵；推進醫療服務體系、人才培養體系、科技創新體系、精細管理體系、開放協作體系、黨建文化體系等“六大體系”建設。
曾學軍教授在多項首發基金連續十年支持下開展大型綜合醫院與社區醫療機構合作模式的研究。2005年始主持《社區中老年人健康管理規范》的制訂和推廣，成為國家公共衛生規范項目之一，并于2015年成為國家推薦標準。
2020年8月，北京協和醫院風濕免疫科實驗室完成了靶抗原特異性標志物的全部項目方法學升級，由傳統手工、批量操作、定性檢測的酶聯免疫吸附測定（ELISA）升級為全自動、實時進樣、高通量、定時檢測的化學發光檢測方法，可檢測自身抗體60余種。這也是國內三甲醫院第 一條專門用于自身抗體檢測的全自動流水線，日運行通量可達1.5萬次。報告時間縮短到0.5至1個工作日，為患者的精 準診斷提供了重要支撐。
重視科研是協和風濕免疫科的傳統。科室1979年起就率先在全國進行自身抗體檢測的研究。1988年，“抗核抗體譜的建立及臨床應用研究”獲國家科技進步三等獎；1995年，“原發性干燥綜合征的系列研究”獲國家科技進步三等獎；近年來，獲北京市科學技術獎、中華醫學科技獎、華夏醫學科技獎等省部級獎項共計13項。
