在醫療實踐的同時，曾學軍教授致力于臨床醫學教育，任美國內科醫師學會（ACP）Fellow、美國醫學研究所（IOM）中國醫學教育代表。曾榮獲北京市高等教育改革二等獎、 “住院醫師心中好老師”、北京市師德先進個人、北京協和醫學院教學名師等榮譽，帶領普通內科獲得2015年北京協和醫學院教學團隊稱號。2019年2月入選十大社區健康促進首 席專家。
北京協和醫院風濕免疫科為了促進中國風濕病的普及與提高，自建科以來，堅持每年舉辦形式多樣的風濕病學講習班和學術會議，編著多部風濕病學專著，同時結合風濕病學臨床的需要開展科學研究，取得了極大的成績，是國家教委風濕病學博士學位授予點、風濕免疫內科博士后流動站、國家教委風濕病學重點學科單位、衛生部住院醫師培訓基地、風濕免疫科專科繼續教育基地、風濕臨床試驗基地、教育部重點實驗室，風濕病學博士生/博士后培養單位，為全國培養了大量風濕病學的專業人才。
北京協和醫院風濕免疫科從建科時僅有3張病床的小科室發展到今天，協和風濕免疫科已擁有68張病床，年收治患者1500例次以上，年門診量逾12萬人次，不僅注重系統性紅斑狼瘡、干燥綜合征、類風濕關節炎、強直性脊柱炎等常見風濕性疾病的規范診治，更強調對少見風濕性疾病、風濕性疾病重要臟器損害以及風濕性疾病嚴重并發癥的綜合診治，追求更精 確的診斷、更細致的評估、更有效的治 療效果。
面對眾多前來求助的風濕病患者，北京協和醫院風濕免疫科緊抓高質量醫療服務不放松。針對門診及住院患者中的疑難病例，科室每周組織專業組查房進行集中會診；陸續開展線上診療、視頻三級查房，確保患者就醫的連續性；建立完善多個專病門診，縮短患者診療周期，改善患者就診體驗……
