1996年，茅臺酒工藝被確定為國家機密加以保護。2001年，茅臺酒傳統工藝列入首批物質文化遺產。2006年，批準將“茅臺酒傳統釀造工藝”列入首批非物質文化遺產名錄，并申報世界非物質文化遺產。2001年3月29日，茅臺酒被批準為“原產地域保護產品”。2013年3月28日，原國家質檢總局批準調整“茅臺酒”地理標志產品保護名稱和保護范圍。
茅臺酒工藝中的三長主要指茅臺酒基酒生產周期長；大曲貯存時間長；茅臺酒基酒酒齡長。茅臺酒基酒生產周期長達一年，須二次投料、九次蒸餾、八次發酵、七次取酒，歷經春、夏、秋、冬一年時間。而其它名白酒只需幾個月或十多天即可。茅臺酒大曲貯存時間長達6個月才能流入制曲生產使用，比其它白酒多存3－4個月，這對提高茅臺酒基酒質量具有重要作用，而且大曲用量大，是其它白酒的4－5倍。茅臺酒一般需要長達三年以上貯存才能勾兌，通過貯存可趨利避害，使酒體更醇香味美，加上茅臺酒高沸點物質豐富，更能體現茅臺酒的價值，這是其它香型白酒不具有的特點。
釀制茅臺酒的用水主要是赤水河的水，赤水河水質好，用這種入口微甜、無溶解雜質的水經過蒸餾釀出的酒特別甘美。故清代詩人曾有“集靈泉于一身，匯秀水東下”的詠句贊美赤水河。茅臺鎮還具有極特殊的自然環境和氣候條件。它位于貴州高原點的盆地，海拔僅440米，遠離高原氣流，終日云霧密集。夏日持續35—39℃的高溫期長達5個月，一年有大半時間籠罩在悶熱、潮濕的雨霧之中。這種特殊氣候、水質、土壤條件，對于酒料的發酵、熟化非常有利，同時也部分地對茅臺酒中香氣成分的微生物產生、精化、增減起了決定性的作用。可以說，如果離開這里的特殊氣候條件，酒中的有些香氣成分就根本無法產生，酒的味道也就欠缺了。
主要工藝流程及要求：
（1）制曲：小麥經破碎，加入母曲和水制成曲胚，用稻草間隔入倉發酵40天后拆曲，貯存6個月后投入制酒生產。
（2）制酒：
①投料階段：重陽開始分2次投料，即下沙和造沙（沙指高粱）。下沙高粱經破碎后加熱水潤糧，次日加母糟蒸糧，下甑攤晾，之后加曲和尾酒拌勻堆積，達到工藝要求，入窖發酵30天后開窖取醅，再與造沙經破碎、潤糧后的高粱拌勻，從蒸糧開始重復上述工序。
②餾酒階段：餾酒階段共有7個輪次，每個輪次均經攤晾、加曲、堆積、入窖和餾酒操作。
制酒過程共經歷9次蒸煮（餾），8次攤晾、加曲、堆積、入窖，7次取酒，一年一個生產周期。
（3）貯存勾兌：基酒（輪次酒）分醬香、醇甜香、窖底香3種典型體貯存于陶壇中，將不同輪次、不同典型體、不同酒度、不同酒齡的基酒進行勾兌，勾兌后貯存于陶壇。貯存勾兌工序至少歷經3年。
（4）包裝：勾兌后的酒經檢驗合格后，采用不透明容器包裝出廠。
