化糞池內有大量沼氣，有毒。但池中沼氣通常會從蓋子的縫隙中逸出，隨風飄散，下雨時，雨水流入化糞池，導致水位上升，迫使更多的沼氣和其他廢氣排出，空氣中彌漫著臭味。所以要定期清理化糞池。

其次再用一根長度為5米左右的竹竿往化糞池里插，清理化糞池里的污物和污水的深度。若是清理化糞池里的深度超過1.5米，我們就得用比化糞池還深1米左右的竹梯或者其它梯子放到化糞池里。

經過三個多月的厭氧消化，污泥中的有機物分解為穩定的無機物，易腐生污泥轉化為穩定的熟污泥，改變了污泥的結構，降低了污泥的含水量。定期清理和運輸污泥進行填埋或用作肥料。

可以說化糞池變廢為寶，但在日常生活中，化糞池里總會堆積一些廢物，無法完全分解。這時候化糞池時間長了會堵，不及時處理會污染環境。

運輸過程中產生二次污染。吸糞車的滴灑泄漏使臭氣蔓延。如果糞渣無出路，會發生清掏者隨意傾倒，糞渣的較終處置引起再次污染。

大部分化糞池很難做到定期清掏, 有的甚至十幾年從不清掏, 等到糞便溢漏才清理。因此, 造成大部分化糞池淪為“過流池”, 糞便幾乎不經任何處理就排入下水道。