蛋白帶模糊不清和分辨不佳是由于多種原因引起的。雖然梯度凝膠可以提高分辨率，但與其他方法相比，常規(guī)聚丙烯酰胺凝膠電泳是分辨率較低的方法。為了提高分辨率，不要加過多的樣品，小體積樣品可給出窄帶。加樣后應(yīng)立即電泳，以防止擴(kuò)散。

“拖尾”現(xiàn)象是電泳中常見的現(xiàn)象。這常常是由于樣品溶解不佳引起的，克服的辦法是在加樣前離心，選用合適的樣品緩沖液和凝膠緩沖液，加增溶輔助試劑。另一方法是降低凝膠濃度。 “紋理”現(xiàn)象常常是由于樣品中不溶顆粒引起的，克服辦法是增加溶解度和離心除去不溶性顆粒。

指示劑前沿呈現(xiàn)兩邊向上或向下的現(xiàn)象。向上的“微笑”現(xiàn)象說明凝膠的不均勻冷卻，中間部分冷卻不好，所以導(dǎo)致凝膠中分子有不同的遷移率所致。這種情況在用較厚的凝膠以及垂直電泳中時(shí)常發(fā)生。向下的“皺眉”現(xiàn)象常常是由于垂直電泳時(shí)電泳槽的裝置不合適引起的，特別是當(dāng)凝膠和玻璃板組成的“三明治”底部有氣泡或靠近隔片的凝膠聚合不完全便會(huì)產(chǎn)生這種現(xiàn)象。

電泳槽 電泳槽是電泳系統(tǒng)的核心部分，根據(jù)電泳的原理，電泳支持物都是放在兩個(gè)緩沖液之間，電場(chǎng)通過電泳支持物連接兩個(gè)緩沖液，不同電泳采用不同的電泳槽.常用的電泳槽有： （1）圓盤電泳槽：有上，下兩個(gè)電泳槽和帶有鉑金電極的蓋。上槽中具有若干孔，孔不用時(shí)，用硅橡皮塞塞住.要用的孔配以可插電泳管（玻璃管）的硅橡皮塞。電泳管的內(nèi)徑早期為5～7mm，為保證冷卻和微量化，現(xiàn)在則越來越細(xì). （2）垂直板電泳槽：垂直板電泳槽的基本原理和結(jié)構(gòu)與圓盤電泳槽基本相同。差別只在于制膠和電泳不在電泳管中，而是在塊垂直放置的平行玻璃板中間. （3）水平電泳槽：水平電泳槽的形狀各異，但結(jié)構(gòu)大致相同。一般包括電泳槽基座，冷卻板和電極.