蛋白帶模糊不清和分辨不佳是由于多種原因引起的。雖然梯度凝膠可以提高分辨率，但與其他方法相比，常規聚丙烯酰胺凝膠電泳是分辨率較低的方法。為了提高分辨率，不要加過多的樣品，小體積樣品可給出窄帶。加樣后應立即電泳，以防止擴散。

蛋白帶偏斜常常是由于濾紙條或電極放置不平行所引起的，或由于加樣位置偏斜而引起。 蛋白帶過寬，與鄰近蛋白泳道的蛋白帶相連，這是由于加樣量太多或加樣孔泄漏引起的。

電泳技術就是利用在電場的作用下，由于待分離樣品中各種分子帶電性質以及分子本身大小、形狀等性質的差異，使帶電分子產生不同的遷移速度，從而對樣品進行分離、鑒定或提純的技術。 電泳過程必須在一種支持介質中進行。Tiselius等在1937年進行的自由界面電泳沒有固定支持介質，所以擴散和對流都比較強，影響分離效果。于是出現了固定支持介質的電泳，樣品在固定的介質中進行電泳過程，減少了擴散和對流等干擾作用。

電泳是指帶電顆粒在電場的作用下發生遷移的過程。許多重要的生物分子，如氨基酸、多肽、蛋白質、核苷酸、核酸等都具有可電離基團，它們在某個特定的pH值下可以帶正電或負電，在電場的作用下，這些帶電分子會向著與其所帶電荷極性相反的電極方向移動。