有機肥料的原因在于有機肥料能提高土壤陽離子代換量，增加對鎘的吸附。同時，有機質分解的中間產物與鎘發生螯合作用形成穩定性絡合物而，有毒的可溶性絡合物可隨水下滲或排出農田，提高了土壤自凈能力。有機肥料一般還能減少鉛的供應，增加砷的固定。,中國農業科學院土壤肥料研究所的研究表明，不合理、過多地追施氮肥，蔬菜體內的硝酸鹽含量明顯增加，特別是白菜、菠菜和生菜可食部分，硝酸鹽高達1000μg/g，高者可達1700μg/g，而廄肥區僅為200～500μg/g，低僅幾十個μg/g。對于西紅柿和菜花類，采用有機無機肥配合，可使維生素C的含量提高16.6～20.0μg/g。,有機肥中的有機質能使板結的黏土得以疏松，又可使松散的砂土得以團聚，為大豆根系生長發育創造了良好的水分、通氣、溫度條件，促進植株地上部分生長發育。,施用有機肥料，有利于土壤微生物活動，促進作物生長發育。微生物在活動中或死亡后所排出的物質，不只是氮、磷、鉀等無機養分，還能產生谷酰氨酸、脯氨酸等多種氨基酸，多種維生素，還有細胞分裂素、植物生長素、赤霉素等植物。少量的維生素與植物，就可給作物的生長發育帶來巨大影響。,土壤有益微生物是取決于土壤肥力水平的最重要標志之一，土壤中許多物質和能量轉化成過程都必不可少土壤微生物，如有機質的礦化過程、豆科植物的固氮過程，都與土壤微生物的起到有關。,有機肥料富含作物生長所需養分，能源源不斷地供給作物生長。除礦質養分以外，有機質在土壤中分解產生二氧化碳，可作為作物光合作用的原料，有利于作物產量提高。