凝膠作為支持介質的引入大大促進了電泳技術的發展，使電泳技術成為分析蛋白質、核酸等生物大分子的重要手段之一。最初使用的凝膠是淀粉凝膠，但目前使用得最多的是瓊脂糖凝膠和聚丙烯酰胺凝膠。蛋白質電泳主要使用聚丙烯酰胺凝膠。

指示劑前沿呈現兩邊向上或向下的現象。向上的“微笑”現象說明凝膠的不均勻冷卻，中間部分冷卻不好，所以導致凝膠中分子有不同的遷移率所致。這種情況在用較厚的凝膠以及垂直電泳中時常發生。向下的“皺眉”現象常常是由于垂直電泳時電泳槽的裝置不合適引起的，特別是當凝膠和玻璃板組成的“三明治”底部有氣泡或靠近隔片的凝膠聚合不完全便會產生這種現象。

“拖尾”現象是電泳中最常見的現象。這常常是由于樣品溶解不佳引起的，克服的辦法是在加樣前離心，選用合適的樣品緩沖液和凝膠緩沖液，加增溶輔助試劑。另一方法是降低凝膠濃度。

“紋理”現象常常是由于樣品中不溶顆粒引起的，克服辦法是增加溶解度和離心除去不溶性顆粒。

電沉積

固體從液體中析出的現象稱為凝集（凝聚、沉積），一般是冷卻或濃縮溶液時產生，而電泳涂裝中是借助于電。在陰極電泳涂裝時，帶正電荷的粒子在陰極上凝聚，帶負電荷的粒子（離子）在陽極上聚集，當帶正電荷的膠體粒子（樹脂和顏料）到達陰極（被涂物）表面區（高堿性的界面層）后，得到電子，并與氫氧根離子反應變成水不溶性物質，沉積在陰極（被涂物）上。