凝膠作為支持介質的引入大大促進了電泳技術的發展，使電泳技術成為分析蛋白質、核酸等生物大分子的重要手段之一。最初使用的凝膠是淀粉凝膠，但目前使用得最多的是瓊脂糖凝膠和聚丙烯酰胺凝膠。蛋白質電泳主要使用聚丙烯酰胺凝膠。

電泳槽

電泳槽是電泳系統的核心部分，根據電泳的原理，電泳支持物都是放在兩個緩沖液之間，電場通過電泳支持物連接兩個緩沖液，不同電泳采用不同的電泳槽.常用的電泳槽有：

（1）圓盤電泳槽：有上，下兩個電泳槽和帶有鉑金電極的蓋。上槽中具有若干孔，孔不用時，用硅橡皮塞塞住.要用的孔配以可插電泳管（玻璃管）的硅橡皮塞。電泳管的內徑早期為5～7mm，為保證冷卻和微量化，現在則越來越細.

（2）垂直板電泳槽：垂直板電泳槽的基本原理和結構與圓盤電泳槽基本相同。差別只在于制膠和電泳不在電泳管中，而是在塊垂直放置的平行玻璃板中間.

（3）水平電泳槽：水平電泳槽的形狀各異，但結構大致相同。一般包括電泳槽基座，冷卻板和電極.

SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳可測定蛋白質分子量.其原理是帶大量電荷的SDS結合到蛋白質分子上克服了蛋白質分子原有電荷的影響而得到恒定的荷/質比。SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳測蛋白質分子量已經比較成功，此法測定時間短，分辨率高，所需樣品量極少（1～100μg），但只適用于球形或基本上呈球形的蛋白質，某些蛋白質不易與SDS結合如木瓜蛋白酶，核糖核酸酶等，此時測定結果就不準確.

蛋白帶偏斜常常是由于濾紙條或電極放置不平行所引起的，或由于加樣位置偏斜而引起。

蛋白帶過寬，與鄰近蛋白泳道的蛋白帶相連，這是由于加樣量太多或加樣孔泄漏引起的。