防止污染是微生物學工作中十分關鍵的技術。一方面是徹底，另一方面防止污染，是無菌技術的兩個方面。另外，還要防止所研究的微生物，特別是致病微生物或經過基因工程改造了的本來自然界不存在的微生物從實驗容器中逃逸到外界環境中去。為了這些目的，在微生物學中，有許多措施。

在獲得了無菌環境和無菌材料后，還要保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究或利用它們的功能，否則外界的各種微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的現象，在微生物學中叫做污染雜菌。

無菌室應定期用適宜的液清潔，以保證無菌室的潔凈度符合要求。 需要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法。 工作人員進入無菌室前，必須用肥皂或液洗手，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入無菌室進行操作。

微生物檢驗用器材及場所必須進行或處理，不同的對象采用不同的處理方法

1． 高壓蒸汽: 工作服、口罩、稀釋液等，置高壓鍋內，一般采用121℃半小時,當然不同的培養基有不同的要求,應分別處理

2． 火焰：接種針、接種環等可直接火焰

3． 高溫干燥： 各種玻璃器皿、注射器、吸管等，置于燥箱中160℃2小時

4． 一 般: 無菌室內的凳、工作臺、試管架、天平、待檢物容器或包裝均無法進行，必須用其他方法進行處理，采用2%石炭酸或來蘇兒水溶液擦拭，工作人員的手也用此法進行

5． 空氣的： 開啟紫外燈照射30—60分鐘 即可。