生物菌可以將糞便中能夠生物降解的有機物完全氧化為簡單的無機物。排泄物進入智能生物菌無水馬桶后，通過內部攪拌機的攪拌與放置在攪拌裝置的復合微生物充分接觸，微生物菌種釋放出具有降解有機物功能的高蛋白酶，將大分子有機物降解為糖、脂肪酸和氨基酸等小分子有機物，微生物菌種以此為養分代謝出水、氣體和生物熱能，而其自身也以幾何級數繁殖。降解后產生的水分及其它氣體直接蒸發排出，分解后極少量余渣富含有機質和微量元素，可回收為有機肥料；同時包含著大量好氧微生物的生物活性填料可將糞尿中的臭氣吸收轉化，實現了對糞便的分解、脫臭、凈化一體化處理。而糞尿中的大腸桿菌、寄生蟲卵等有害病菌及雜菌在60℃以上高溫條件下被殺死或被微生物群落吞噬，從而實現衛生無害化。

而另一邊，小便由導流管路進行收集，存放于塑料收集桶內。同時安裝于收集桶頂部的加降解菌裝置，定量向桶內添加微生物制劑（除臭菌—氨氮降解菌）在一定程度上可以分解小便內所含的氮磷鉀等微量元素，并有效地分解氨氣吸收臭味，達到無害排放。易潔康新型智能生態無水馬桶，對于糞污的無害化處理和資源的回收利用形成了一個完美的生態閉環。對于有完備污水處理系統的城市家庭來說目前無法完全推廣使用，但是非常適合農村廁所改造實現無害化旱廁使用，尤其是缺水西北地區。