循環水流

因為硝化在進行硝化作用的過程中，需要消耗的氧氣，因此，如何在水循環的流程內，把充分的氧氣及水中待分解的有機質平均的送進過濾材料中，讓硝化有效地把它分解完畢，是設計循環水流的重要考慮點。我們必須認識到，太大的水流會令硝化無以立足，無法生成密實的硝化網。太緩的水流又無法達到輸送氧氣及有機物的功能，產生一些死角，造成厭氧區，累積不必要的氨及硫化氫等廢氣，反倒不利水質的安定性。

有力的水流

水流運動可使水族箱中的每一個地方，如角落、裂縫、洞穴以及珊瑚周圍的水都能夠得到不停的更換。我們必須設法防止有水流靜止的區域存在。水流的運動就能使無脊椎動物上的單細胞蟲黃藻的代謝產物會因水流的運動被清除。而有機物的食物也會因水流作用被送到生物棲息地附近，使他們更容易攝食。

綜合上述，水族箱的水流是很重要的，用循環式水泵在水族箱中制造每小時至少5次的水流循環速度是較理想的，采用兩個泵，使水流每6小時更換一次方向，定時開關，就更好了。