金魚的身體由頭部、軀干（胴）和尾部3部分組成，各部分的分界線不太明顯。通常是從身體的吻端到鰓蓋的后緣，與胸鰭開始處劃一垂直線稱為頭部；從鰓蓋的后緣到肛門或臀鰭的開始處稱為軀干部；從肛門或臀鰭開始處到側線后端鱗片的后緣稱為尾部。

有銀灰色、紅色、黃色、白色、黑色、紫色、藍色、透明、花斑和五花等。野生鯽魚的顏色是暗淡的，不鮮明的。而家養的金魚有許許多多鮮艷的顏色。從表面上看來，好像金魚在家化的過程中發生了許多新色素。其實不然，從鱗片的顯微鏡觀察，存在于色彩鮮艷五光十色的金魚中的色素同樣也存在于色彩不鮮艷的野生鯽魚中。金魚的顏色成分只有3種：黑色色素細胞，橙黃色色素細胞和淡藍色的反光組織，所有這些成分都存在于野生鯽魚中。家養金魚鮮艷的、多變的體色，不過是由于這3種成分的重新組合，重新分布，強度、密度的變化，或消失了野生鯽魚原有色素中一個或更多的成分而形成的。在金魚的個體發育過程中，曾有褪色的現象。黑色金魚如墨龍睛、墨水泡等，有隨年齡而變化現象。有些黑魚在2～3年內褪為橙紅色、或紅黑色，有些褪成黑白色，另一些保持黑色較久。黑色的金魚很少。各品種金魚在幼魚階段都呈現灰褐色，經過一定時期的發育之后，由于色素細胞的部分消失而轉變為成魚的體色。唯獨紫色、透明和五花的區別較其他各色金魚為早些，在體形分化后肉眼便能區分。